そして斎藤さんから新人エージェントたちへ「本日入社された皆さんには、新宿クリーンデーの周知拡大のため、これからMIB清掃部や先輩エージェント共にごみ拾いを行ってもらいます！がしかし、BUT、ただのゴミ拾いではない！超極秘、スィークレットなんですが、このMIB組織の中にスパイがいるという情報をキャッチした！どうやらこの新宿のゴミの中に痕跡があるらしいので、みんなしっかり集めてきてくれ！」と初ミッションが発令！

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小寺が「野沢直子さんじゃないですか？(笑)いちばん見つからないし！」と会場を笑いで包みながら、「クリーンデー」らしく新宿の街のゴミとともに悪の根源を一掃すべくエージェントたちが気合をにじませ意気揚々と出ていこうとしたその時、突如エハラが「ちょっとまてー！極秘任務を任されているMIBは活動内容を知られてはダメだ！」と思い直し、A-NONが「肝心なこと忘れてますね！みんなの記憶をニューラライザーで消さなくては！」とMIBが誇る多彩なガジェットを代表するアイテムである記憶消去装置・ニューラライザーを取り出し、斎藤さんが「みなさんサングラスかけて！いきますよ！えっとええと…」とボタンが見つからず、たかしに「あ、老眼でした」と突っ込まれながら、斎藤さんは「じゃあいくよ！えい！」とスイッチオン。サングラスをかけたエージェント以外の記憶は消去され、ミッションの存在はおろか、このイベントに登場している彼らが一体誰なのかも謎に包まれてしまったなか、ブラック・スーツにサングラスの集団が一心不乱に街のクリーンアップにいそしむ光景が広がった新宿の街。

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地球をド派手に裏切る本作の公開日6月14日まで残り約1か月、晴れてMIB日本支部エージェントとして華々しく活動を始めた彼らと、吉本坂46のエージェントたち、そして日本の運命は…！？